يهدف المعهد الجمركي ان يكون التدريب نوعي ومعاصر يساهم في سد فجوة الأداء وتحسينه وصولا لموظف جمركي شامل ، وبحسب الخطط لعام 2014 يغطي التدريب 70% من الكادر الجمركي وفي المجالات الفنية والإجرائية الجمركية والإدارية والسلوكية والتكنولوجيا كذلك الاهتمام بالتعاون مع إطراف المشغل الاقتصادي وعمل دورات للمخلصين الجمركيين وغيره. ولنا القدرة باذنه تعالى انجاز ذلك مع ضرورة معالجة المعاملات المالية وطريقة تعامل إدارة الحسابات مع التدريب الجمركي او باستكمال اجراءات الوحدة الحسابية( المقترحة) للمعهد كما بالمعاهد الحكومية المماثلة.